MySQL关联查询的内部工作原理主要涉及两个方面：连接算法和索引优化。

1. 连接算法：MySQL使用不同的算法来执行关联查询，其中最常用的是嵌套循环连接和哈希连接。在嵌套循环连接中，MySQL会遍历第一个表的每一行，然后在第二个表中查找匹配的行。在哈希连接中，MySQL会将一个表的所有行存储在哈希表中，然后对另一个表进行哈希查找。根据表的大小和索引情况，MySQL会选择合适的连接算法来执行查询。

2. 索引优化：在执行关联查询时，MySQL会利用索引来加速查询的执行。如果关联的列有索引，MySQL会使用索引来定位匹配的行，从而减少扫描的数据量。此外，MySQL还会尝试使用联合索引来优化关联查询的性能，避免额外的排序和临时表操作。

总的来说，MySQL关联查询的内部工作原理是通过选择合适的连接算法和利用索引优化来提高查询的执行效率。通过合理设计表结构和索引，可以进一步优化关联查询的性能。